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在使用正相色谱柱时，需要注意以下几点：
新柱安装前，应确保系统干净，并用合适的溶剂冲洗色谱柱至基线平稳。
硅胶基质色谱柱的使用温度应低于60℃。
样品**好溶解在流动相或极性相近的溶剂中，样品溶液不应含有任何颗粒物，**好使用0.5μm或更小粒径的滤膜过滤。
正相色谱所用溶剂通常为氯仿、正己烷、乙腈、甲醇、乙醇等。对于某些特殊的应用，要在流动相中使用与色谱柱保存溶剂不互溶的溶剂（例如水）作为流动相时，须先用20倍柱体积的异丙醇冲洗色谱柱后，方可使用流动相进行平衡。
在进行分析之前，应使用至少20倍柱体积的流动相冲洗色谱柱，以使色谱柱达到平衡。
对于“脏”的样品以及组分未知的样品，应使用在线滤器或保护柱进行保护，以延长色谱柱的使用寿命。
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